Sejarah Jemaat
Terbentuknya Jemaat GPM Gideon Waiyari tidaklah semudah orang membalik telapak tangan. Sejarah panjang Jemaat Gideon Waiyari dimulai Ketika tahun 1950-1960 ada 8 Kepala Keluarga anggota Jemaat Suli yang memutuskan berpindah tempat tinggal dari tempat tinggal mereka yang lama di Negeri Suli ke Soa Wainusalaut (Natsepa, Waiyari, Wairita dan Waitatiri) tanah dati/pusaka keluarga besar mereka untuk mengembangkan usaha tani mereka.
Sebagai anggota Jemaat Suli keputusan mereka untuk berpindah tempat tinggal itu tentu saja berdampak pada pemenuhan kebutuhan rohani yang juga harus terpenuhi. Resiko harus berjalan kaki sejauh ±4 km pergi pulang setiap kali mengikuti kebaktian jemaat demikian pula bagi anak-anak mereka yang mengikuti kegiatan sekolah minggu, ibadah pelayanan perempuan dan pemuda mesti dijalani walau berat dan melelahkan sebab di tahun-tahun itu belum banyak kendaraan umum di Kota Ambon.
Keadaan tersebut terus berlangsung bertahun-tahun lamanya sejak kepindahan mereka ke wilayah Soa Wainusalaut antara tahun 1950-1960. Hingga kemudian pada tahun 1970 datang seorang pejabat Klasis Pulau Ambon yaitu Pdt. P. Manuhutu ke rumah Bapak David Matitawaer. Beliau memberikan informasi bahwa Pimpinan Klasis Pulau Ambon telah mengetahui kondisi Jemaat Suli yang tinggal di wilayah Natsepa, Waiyari, Wairita dan Waitatiri yang mana jarak lokasi tempat tinggal mereka dengan Gereja dan Jemaat induk cukup jauh sehingga tidak efisien dalam pelayanan dan telah pula dibahas solusi bagi anggota jemaat Suli di Soa Wainusalaut yakni perlu adanya tempat beribadah bagi jemaat di daerah Natsepa s/d Waitatiri ini.
Berdasarkan percakapan tersebut mereka (para tokoh jemaat) kemudian menetapkan rumah keluarga Patikomul sebagai tempat ibadah jemaat bagi mereka dan tempat dilaksanakannya kegiatan sekolah minggu bagi anak-anak mereka serta menunjuk Bpk. Patikomul sebagai Tuagama dan mengangkat Bpk. Daniel Luhukay dan Ibu Lidya Titarsole sebagai pengasuh sekolah minggu. Sedangkan untuk ibadah-ibadah persekutuan perempuan dan pemuda maupun ibadah-ibadah pelayanan sakramen baptisan, sidi, nikah, dan perjamuan kudus tetap dilaksanakan di Gereja Baitrafa di Suli.
Penggunaan rumah Bpk. Patikomul ini hanya berlangsung selama kurang lebih 3 tahun saja (1970 – 1973) setelah itu dilaihkan ke rumah Bpk. David (Beng) Matitawaer karena Bpk. Patikomul meninggal dan keluarganya pindah ke Negeri Belanda. Sementara itu arus pertambahan penduduk di Soa Wainusalaut terus berlangsung sedikit demi sedikit baik orang Suli sendiri maupun para pendatang dari Kota dan dari luar Ambon.
Pertambahan jumlah pemeluk Kristen Protestan di wilayah Soa Wainusalaut ini kemudian menjadi pemicu lahirnya gagasan untuk membangun tempat ibadah jemaat yang lebih besar agar dapat menampung jemaat yang semakin bertambah tersebut. Pekerjaan pembangunan rumah ibadah yang kemudian dinamakan Balai Kerohanian itu dimulai pada tahun 1974 dan selesai serta diresmikan pada 05 Juli 1976 oleh Ketua Klasis Pulau Ambon saat itu Pdt. M. Alfons, S.Th, sekaligus juga penetapan wilayah pelayanan Natsepa s/d Waitatiri dengan nama Wijk Natsepa.
Sekalipun Balai Kerohanian Wijk Natsepa telah berdiri namun ibadah-ibadah persekutuan jemaat, sektor, wadah pelayanan, dan pemuda masih menyatu dengan jemaat induk di Suli. Seiring berjalannya waktu terjadi pula perubahan-perubahan kebijakan pelayanan di Jemaat Suli terutama menyangkut kondisi pelayanan di Wijk Natsepa. Nama Wijk Natsepa kemudian dirubah menjadi Wijk 8. Kemudian berkembang lagi menjadi Sektor Gideon pada tahun 1984 membawahi 2 Wijk yaitu Wijk 9 dan Wijk 10. Barulah pada tahun 1986 dibentuk Wadah Pelayanan Pemuda di Sektor Gideon dan dimulainya ibadah Tunas PI untuk anak-anak di Sektor Gideon.
Dibangunnya kompleks Perumahan BTN Waitatiri Elok pada tahun 1994/1995 yang dihuni oleh lebih dari 100 KK pemeluk GPM merupakan suatu dorongan bagi Jemaat Suli untuk mengupayakan pembangunan Gedung Gereja yang representatif di Sektor Gideon maka dibentuklah Panitia Pembangunan Gereja dan Pastori Sektor Gideon pada tahun 1994. Sekalipun Panitia yang dibentuk hanya terdiri dari beberapa personil saja (semua personil diambil dari Sektor Gideon) namun dengan pertolongan dan anugerah Tuhan Yesus mereka dapat melaksanakan pekerjaan mereka membangun Pastori permanen bagi Pendeta tepat di belakang Balai Kerohanian yang masih merupakan bangunan kayu.
Gagasan pemekaran Sektor Gideon menjadi Jemaat mulai dijadikan topik pembicaraan oleh para peserta Persidangan Jemaat Suli khususnya para utusan Sektor Gideon sejak tahun 1994. Gagasan ini mendapat dukungan dari Pdt. Ny. M. B. Wattimena, Sm. Th yang baru ditugaskan sebagai pendeta jemaat di Jemaat Suli pada tahun 1994 itu. Gagasan pemekaran Sektor Gideon tersebut tidak langsung diterima ketika pertama kali disampaikan namun terus disuarakan oleh para peserta persidangan jemaat yang berasal dari Sektor Gideon hingga akhirnya disetujui adanya pemekaran tersebut pada Persidangan Jemaat Suli tahun 1996 disertai keputusan Majelis JemaatSuli tentang pembentukan Panitia Pemekaran Jemaat GPM Suli.
Setelah dimekarkan dari Jemaat Suli, Jemaat GPM Gideon dibawah kepemimpinan Pdt. Ny. M. B. Wattimena segera menetapkan langkah-langkah kebijaksanaan pelayanan di Jemaat termasuk pendataan jemaat dan penataan unit dan sektor pelayanan, pengangkatan pengurus wadah dan organisasi pelayan, badan-badan pembantu pelayanan dan para pengasuh. Dengan dibantu oleh para Penatua dan Diaken Periode 1995-2000 dari Sektor Gideon yang diangkat oleh Majelis Jemaat Suli pelayanan jemaat dapat dilaksanakan dengan baik. Demikian pula dengan proses Persidangan Ke-1 tahun 1998 hingga Persidangan Ke-3 tahun 2000 semua dapat berjalan dengan baik atas pertolongan Tuhan.